中国在古代称为夏，“夏”与“厦”古字相通。所谓“厦门”，是作为象征性城名,表示所镇的土地是中国领土。洪武二十年（1387年）始筑“厦门城”——意寓中国之门，“厦门”之名自此列入史册。
相传遥远的古代，常有成群的白鹭栖息在厦门岛上，因此，厦门又称为鹭岛，厦鼓海峡称为鹭江。
厦门市现辖思明区、湖里区、集美区、海沧区、同安区、翔安区6个区。
思明区是厦门最早的经济、政治、文化、金融中心。清朝初期，郑成功为了抗清复明，驻军厦门，后把厦门改为思明州（蕴含“思念明朝”之意）；民国元年，建制设“思明县”；新中国成立后，厦门市划分行政区域时，为了纪念民族英雄郑成功，把本区命名为思明区。
湖里区是厦门经济特区的发祥地，是厦门最早的经济特区，后来特区才拓展到厦门全岛。1980年在禾山公社湖里大队划出2.5平方千米设立厦门经济特区。1987年，厦门市成立湖里区，区名取自原“湖里大队”。
集美区地理上称集美半岛，位居厦门市的几何中心和厦漳泉三角地带中心位置。集美区历史上分属同安县，同安县最大的河流是东溪，再向南的一段海峡，称浔江。集美是浔江西岸的末尾 ，因此原先人们称它为 “浔尾”或“尽尾”，明朝有当地村民将其改为“集美，厦门话中“浔尾”、“尽尾”和“集美”，音基本同 ，于是名称逐渐为“集美”所代替。
海沧区全境位于海沧半岛，与厦门岛隔海相望，位于厦门本岛西面，2003年4月26日由杏林区更名为海沧区，区名取自所辖的海沧镇。海沧镇古代开始是海滨聚落，三面环海，故以海为名，初称海口。又因境内有沧江（今九龙江），后改名海沧。
同安区别称“银城”，是厦门最大的行政区，是著名的侨乡和台胞祖籍地。同安一地古称大同，境内有座梅山，又名同山，古时东南沿海社会秩序不够安定，所以当时县名多寓有平安之意，遂将同和安字结合，设立同安县，后划分出同安区，有百姓“求同安共乐”之意。
翔安区地处海峡西岸经济区最前沿，位于厦门市东部以北，东北与泉州市接壤，南部隔海与厦门岛、金门岛相望，居厦漳泉闽南“金三角”中心地带。古时翔安区境域被划为翔风里、民安里，后在两地名各取一字而得名，也寓意腾翔安康。